Während der Militärregierung unter Pinochet (11. September 1973 - 11. März 1990) sind mindestens 1.102 Menschen "verschwunden" und weitere 2.095 Menschen staatlichem Mord zum Opfer gefallen. Diese Zahlen wurden offiziell von der chilenischen Regierung bestätigt. Ein 1978 unter Pinochet erlassenes Amnestiegesetz verhindert die Aufklärung von Verbrechen gegen die Menschlichkeit, die zwischen 1973 und 1978 begangen wurden, und die Verfolgung der dafür Verantwortlichen. Die Zuständigkeit von Militärgerichten, die in der Vergangenheit Untersuchungen nur schleppend durchgeführt haben, trägt ebenso zur weitgehenden Straflosigkeit solcher Verbrechen bei.

Auch bezüglich der Misshandlungen und Folterungen aus jener Zeit ist AI der Meinung, dass die Beendigung der Straflosigkeit in Chile nur erfolgen kann, wenn alle diesbezüglichen Vorwürfe umfassend und unabhängig aufgeklärt werden. Die Angehörigen indigener Gemeinschaften des Landes sind weiterhin sozial und ökonomisch marginalisiert. Seit dem Ende der Militärdiktatur drängen sie auf Landreformen und die Anerkennung ihrer Rechte. Bei Landstreitigkeiten mit Forst- und Energieunternehmen kam es zu gewaltsamen Auseinandersetzungen zwischen Indigenen der Mapuche und den Sicherheitskräften. Auch werden die umstrittenen Antiterror-Gesetze aus der Pinochet-Zeit bei Gerichtsverfahren widerrechtlich auf Mapuche-Anführer angewandt. Wegen Schwächen in der Gesetzgebung und mangelhafter Polizeiarbeit ist die Verfolgung familiärer und sexueller Gewalt gegen Frauen nach wie vor schwierig. AI fordert Maßnahmen vom Staat, die Gewalt gegen Frauen verurteilen und sie auf lange Sicht beenden. Gewalt gegen Frauen sollte verfolgt und bestraft werden, unabhängig davon, ob die Gewalt von staatlichen Organen oder von Privatpersonen ausgeht.

General Augusto Pinochet starb am 10. Dezember 2006. Er war seit seiner Verhaftung 1998 und 500 Tagen Zwangsexil in London an Chile ausgeliefert worden, weil er für nicht prozessfähig erklärt worden war. In Chile wurde er verschiedener Verbrechen wegen unter Anklage gestellt. Seine Prozessfähigkeit wurde im Laufe der Jahre abwechselnd in Frage gestellt und wieder bestätigt. Bis zu seinem Tode wurde seine Immunität insgesamt sechs Mal aufgehoben. Zum eigentlichen Prozess kam es nie.

• In einem Urteil des chilenischen Obersten Gerichtshofes vom August 1999 wurde das "Verschwindenlassen" von Menschen als andauerndes Verbrechen (fortwährende Entführung) eingestuft, auf welches das Amnestiegesetz von 1978 nicht anwendbar sei.
• Öffentliche Angaben benennen 1.125 noch offene Fälle während der Militärdiktatur begangener Menschenrechtsverletzungen; in 3.195 Fällen war ermittelt worden. Ende 2008 waren 245 Mitglieder der Sicherheitskräfte im Zusammenhang mit 115 Fällen verurteilt worden. So u.a. im Zusammenhang mit der so genannten "Karawane des Todes" (1973) und der Ermordung von General Prats und seiner Frau in Argentinien im Jahr 1974.
• Die Interamerikanische Menschenrechtskommission stellte im September 2007 fest, dass das chilenische Amnestiegesetz unvereinbar mit den Verpflichtungen des chilenischen Staates gegenüber internationalem Recht sei und forderte die Annullierung des Gesetzes. Dieser Forderung kam der Staat bisher nicht nach.
• Die Einführung eines übergreifenden Menschenrechtsaktionsplans ist ein Vorhaben der jetzigen Regierung, das allerdings bisher noch nicht umgesetzt wurde.
• Eine nationale Kommission zur Untersuchung politischer Haft und Folter (Valech-Kommission) wurde zur Registrierung und Untersuchung der überlebenden Folteropfer eingesetzt (Nov. 2003 bis Mai 2004). Die ca. 30.000 anerkannten Opfer erhalten eine kleine finanzielle Entschädigung, die Kriterien für die Anerkennung als Opfer werden von NGOs, dem UN-Menschenrechtsausschuss und AI jedoch kritisiert: der Anmeldungszeitraum war zu kurz, die Veröffentlichung inadäquat, wodurch Minderheiten außen vor gelassen wurden. Die Hauptkritik richtet sich aber gegen den präsidialen Entschluss, dass die Täter 50 Jahre anonym bleiben sollen. NGOs fordern die Wiedereröffnung der Registrierung.

• Beseitigung der Hindernisse zur Aufklärung von Wahrheit, Gerechtigkeit und Entschädigung für die Opfer und Überlebenden der während der Regierung Pinochet begangenen Menschenrechtsverletzungen
• Beendigung der Marginalisierung und Diskriminierung der indigenen Völker
• Anullierung des Amnestiegesetzes von 1978; die unter dem Amnestiegesetz eingestellten Verfahren sollen wieder aufgenommen werden
• Ratifizierung der wichtigsten internationalen Menschenrechtsabkommen und Ratifizierung des Statuts von Rom
• Erfüllung der Verpflichtung zur Aufstellung eines Nationalen Menschenrechtsplans und Einrichtung einer den internationalen Normen entsprechenden nationalen Institution für Menschenrechte